Первый вариант однозначно не правильный. Не выдерживается 3-я нормальная форма БД.
Второй вариант формально правильный, но по логике есть вопросы. Например, таблица Дисциплина_Раздел подразумевает отношение многие ко многим. А может ли один раздел к разным дисциплинам относится?
P.S: а в чём нарисованы эти схемки?
Даже самый дурацкий замысел можно воплотить мастерски